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克孜勒苏柯尔克孜自治州位于新疆维吾尔自治区西南部，，地处北纬37°41'28”～41°49'41”、东经73°26'05”～78°59'02”之间，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘，自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1195千米；东部与阿克苏地区相连；南部与喀什地区毗邻，全州东西长约500千米、南北宽约140千米，面积7.25万平方千米。

克孜勒苏柯尔克孜自治州地处帕米尔高原上。帕米尔高原寒武纪时期隆起，华里西时期断裂，并发生剧烈升降，形成凹陷和褶皱。地质结构复杂，主要为新生界第四系地层。自治州境内多山，山地占全州总面积的90%以上。地势由东南向西北呈梯状上升，东南部为塔里木盆地边缘绿洲和喀什噶尔平原，最低处海拔1197米，北部、西北部为天山南脉和帕米尔高原，最高处海拔7719米，相对高差6522米。山地以克孜勒苏河为界，从乌恰县的北部、阿图什市北部直至阿合奇县全境，为天山南麓；克孜勒苏河以南，从乌恰县西南部直到阿克陶县西部为帕米尔高原和昆仑山山区。

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